Im Jahr 2000 wurde Prof. Dr. Thomas Eger zum außerplanmäßigen Professor an der Universität Kassel ernannt, und seit 2001 ist er Professor für Ökonomische Analyse des Rechts am Institut für Recht und Ökonomik.
In den Jahren von 2005 bis 2017 war er unter anderem als Koordinator des Wahlschwerpunkts „Ökonomische Analyse des Rechts“ an der Fakultät für Rechtswissenschaft und Direktor des Instituts für Recht und Ökonomik tätig.
Seit 2017 ist er emeritierter Hochschulprofessor der Fakultät für Rechtswissenschaft an der Universität Hamburg. Außerdem ist er Mitautor des 2018 erschienenen Buchs “The Economics of Open Access”.